Prototype 2 é continuação de Prototype e foca na aventura de um anti-herói que ganha poderes inesperados e precisa “eliminar seu criador”. O personagem central é James Heller, ex-sargento do exército que ganhou forças por acidente e agora quer vingança contra Alex Mercer, o criador original de tais habilidades. Heller culpa Mercer por conta dessa “maldição”, que por enquanto só serviu para prejudicar sua vida e matar pessoas sem a intenção. Com jogabilidade bem voltada para a ação, Prototype 2 é tão violento quanto o primeiro, agora com muito mais possibilidades e formas de se explorar a cidade e seus poderes. Há soldados por todas as partes, então os combates serão uma constante. Assim, Heller vai obter novos poderes e se tornar uma ameaça ainda maior.