أنشئت بالأمر الملكي رقم 11 وتاريخ 25/3/1381هـ وتلاه الأمر الملكي ذو الرّقم 21 المؤرّخ في 16/4/1381هـ بالمصادقة على نظام المجلس الاستشاري الأعلى للجامعة، وبدأت الدراسة فيها يوم الأحد 2 من جمادى الآخرة فـي العام نفسه.

وفي 18/5/1386هـ صدر المرسوم الملكيّ رقم م/18 بالموافقة على نظام الجامعة. ثم صدر نظام آخر للجامعة؛ وفقاً للمرسوم الملكيّ ذي الرّقم م/70 المؤرّخ في7/8/1395هـ.
وقد تضمن أن الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة مؤسسة إسلامية عالمية من حيث الغاية ، عربية سعودية من حيث التبعية. كما حدد أهدافها بالتالي :
تبليغ رسالة الإسلام الخالدة إلى العالم عن طريق الدعوة والتعليم الجامعي والدراسات العليا.
غرس الروح الإسلامية وتنميتها وتعميق التدين العمل في حياة الفرد والمجتمع، المبني على إخلاص العبادة لله وتجريد المتابعة لرسول الله صلى الله عليه وسلم .
إعداد البحوث العلمية وترجمتها ونشرها وتشجيعها في مجالات العلوم الإسلامية والعربية بخاصة، وسائر العلوم وفروع المعرفة الإنسانية التي يحتاج إليها المجتمع الإسلامي بعامّة.
تثقيف من يلتحق بها من طلاب العلم من المسلمين من شتى الأنحاء، وتكوين علماء متخصصين فـي العلوم الإسلامية والعربية وفقهاء في الدين متزودين من العلوم والمعارف بما يؤهلهم للدعوة إلى الإسلام، وحل ما يعرض للمسلمين من مشكلات فـي شؤون دينهم ودنياهم على هدى الكتاب والسنة وعمل السلف الصالح.
تجميع التراث الإسلامي والعناية بحفظه وتحقيقه ونشره.
إقامة الروابط العلمية والثقافية بالجامعات والهيئات والمؤسسات العلمية في العالم وتوثيقها لخدمة الإسلام وتحقيق أهدافه.

مَنَارَةٌ إِسْلامِيَّةٌ عَالَمِيَّةٌ رَائِدَةٌ في المَعْرِفَةِ وَالتَّنْمِيَةِ .

مُؤَسَّسَةٌ سُعودِيَّةٌ عَالَمِيَّةٌ، تُقَدِّمُ العُلومَ الشَّرْعِيَّةَ وَالعَرَبيَّةَ وَالمَعَارِفَ الأُخْرَى لِلطُّلاَّبِ مِن دُوَلِ العَالَمِ، وَتُعْنَى بِالبُحوثِ العِلمِيِّةِ وَالخِدْمَات المُجْتَمَعِيَّةِ المُتَمَيِّزَةِ، مَعَ التَّوْظِيفِ الأَمْثَلِ لِلتَّقْنِيَةِ؛ إِسْهَامًا في نَشْرِ رِسَالَةِ الإِسْلامِ الخَالِدَةِ.

انطلاقًا من رسالة الجامعة الإسلاميَّة وأهدافها حدِّدت القيم الحاكمة كما يأتي :
الدَّعوة إلى الإسلام بالحكمة.
الالتزام بالكتاب والسُّنة على منهج السَّلف.
الوسطيَّة.
الاحتساب.
الإتقان والجودة.
التَّعاون.
الشَّفافيَّة.
الإبداع والابتكار.